총량관리사업자에 대한 특례
배출부과금 등 특례 
배출부과금 감면
총량관리사업자는 다음의 구분에 따라 
「대기환경보전법」 제35조제2항제1호에 따른 기본부과금이 면제됩니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법」 제19조제1항 및 「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행령」 제23조제1항).
「대기환경보전법 시행령」 제23조제1항제1호에 따른 황산화물에 대한 기본부과금「대기환경보전법 시행령」 제23조제1항제2호에 따른 먼지에 대한 기본부과금「대기환경보전법 시행령」 제23조제1항제3호에 따른 질소산화물에 대한 기본부과금 황함유기준 적용 배제
황산화물에 대한 배출허용총량을 할당받은 총량관리사업자에 대해서는 「대기환경보전법」 제41조에 따른 연료의 황함유기준을 적용하지 않습니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법」 제19조제1항 및 「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행령」 제23조제2항).
배출허용기준 적용 특례
총량관리사업자가 설치·운영하는 사업장 중 「대기환경보전법」 제25조에 따른 3종사업장의 배출시설에 대해서는 배출허용총량이 할당된 총량관리대상 오염물질의 배출허용기준을 「대기환경보전법」 제16조제1항 및 「대기환경보전법 시행규칙」 별표 8에 따른 배출허용기준의 130퍼센트로 합니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법」 제19조제2항 및 「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행규칙」 제19조).
자발적 협약체결기업에 대한 특례
자발적 협약체결의 혜택
기후에너지환경부장관은 총량관리사업자가 총량관리대상 오염물질의 배출을 그 배출허용총량보다 더 줄이기 위한 계획을 수립하여 기후에너지환경부장관과 협약(이하 "자발적 협약"이라 함)을 체결하면 다음의 혜택을 줄 수 있습니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법」 제25조제1항).
자발적 협약의 내용
총량관리사업자가 유역환경청장, 지방환경청장 또는 수도권대기환경청장(이하 "지방환경관서의 장"이라 함)과 체결하는 자발적 협약에는 다음의 사항이 포함되어야 합니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행규칙」 제24조).
자발적 협약 내용의 이행결과 보고 및 확인
자발적 협약을 체결한 총량관리사업자는 다음 연도 2월 말일까지 해당 연도의 협약 이행결과를 지방환경관서의 장에게 보고해야 합니다. 다만, 자발적 협약상 이행기간이 종료된 다음 연도에는 저감목표 이행기간 전체의 종합적 이행결과를 함께 보고해야 합니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행규칙」 제25조제1항).
이행결과의 보고에는 다음의 사항이 포함되어야 합니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행규칙」 제25조제2항).
지방환경관서의 장은 자발적 협약의 이행 여부를 확인하기 위해 해당 총량관리사업자에 대해 현지점검을 할 수 있습니다(「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법 시행규칙」 제25조제3항).
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